اجرای احکام دادگاه های نظامی مطابق مقررات قانون آیین دادرسی کیفری به عهده دادسرای نظامی صادرکننده کیفرخواست است. در موارد احاله و عدم صلاحیت، اجرای احکام دادگاه ها، به ترتیب برعهده دادسرای مرجع محال الیه و مرجع صالح به رسیدگی است.