ماموریت نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران به شرح زیر می‌باشد: الف - پاسداری از آبهای سرزمینی، فلات قاره و مناطق انحصاری، اقتصادی و جزایر کشور در برابر هر گونه تجاوز نظامی خارجی. ب - حضور مستمر، کنترل و تامین امنیت خطوط مواصلات دریایی خودی و جلوگیری از استفاده غیر مجاز بیگانگان از مناطق دریایی مذکور در‌بند فوق. ج - دفع و سرکوبی هر گونه تجاوز نظامی به حاکمیت، حقوق و منافع کشور در مناطق مذکور در بند الف و انهدام تاسیسات دریایی دشمن بنا به‌دستور. د - کنترل تردد کشتیها در خلیج فارس و دریای عمان و بازرسی کشتیهای مشکوک در مواقع لزوم بنا به دستور. ه - سازماندهی، تجهیز و آموزش یگانهای دریایی جهت اجرای ماموریتهای محوله. و - تهیه طرح نیازمندیهای لجستیکی و اقدام در جهت تهیه و خرید اقلام و خدماتی که به عهده نیروی دریایی بوده و اقلام مشترک داخلی که به آن‌واگذار می‌گردد. ز - انجام پژوهش و تحقیقات لازم در کلیه زمینه‌ها جهت نیل به خودکفایی. ح - تامین دفاع هوایی کلیه یگانها، تاسیسات و نقاط حساس مربوط، جزایر و تاسیسات دریایی در حد برد سلاح ضد هوایی سازمانی خود با‌هماهنگی و کنترل کلی عملیاتی نیروی هوایی. ط - تامین و حفاظت تاسیسات و پادگانهای مربوط. ی - تامین نیازهای پزشکی پرسنل نیروی دریایی و اداره بیمارستانها و درمانگاههای مربوط.