وظایف و اختیارات هیات امنا به شرح زیر است: 1- پی‌گیری اوامر و رهنمودهای ابلاغی مقام معظم رهبری 2- تصویب خط مشی‌ها و سیاستهای کلی 3- تصویب برنامه و بودجه سالانه تشکیلات 4- تصویب صورت حساب عملکرد سالانه 5- ارایه گزارش عملکرد سالانه بنیاد به مقام معظم رهبری و کسب رهنمودهای لازم 6- تصویب سایر موضوعاتی که توسط رئیس بنیاد برای تحقق اهداف بنیاد ارایه می‌شود 7 (الحاقی 1387/01/18)- بررسی و تایید تغییرات و اصلاحات اساسنامه پس از اخذ موافقت مقام‌معظم‌رهبری به منظور طی مراحل تصویب. 8 (الحاقی 1387/01/18)- تصویب آیین نامه‌های مالی و معاملاتی بنیاد در حدود قوانین و مقررات. 9 (الحاقی 1387/01/18)- تصویب ضوابط سرمایه گذاری شرکتهای وابسته. 10 (الحاقی 1387/01/18)- سیاستگذاری نحوه اداره و اتخاذ تصمیم در رابطه با نحوه اداره و مصرف درآمدهای حاصل از فروش آن قسمت از اموال و املاک بنیاد و فعالیتهای اقتصادی سازمانهای وابسته که شرعا تصرف در آنها با اذن ولی فقیه می‌باشد براساس رهنمودهای مقام معظم رهبری در جهت اهداف عالیه بنیاد. تبصره (الحاقی 1387/01/18)- دستورالعمل نحوه تشکیل جلسات و تصمیم‌گیری در اولین جلسه هیات امناء بنا به پیشنهاد رئیس بنیاد به تصویب هیات امناء خواهد رسید.