ساختار سازمان عبارت است از: ۱ ستاد مرکزی سازمان که در تهران مستقر است. ۲ مرکز تربیت مربی فنی و حرفه­ ای ۳ ادارات کل آموزش فنی و حرفه‌ای استان‌‌ها ۴ مراکز آموزش فنی و حرفه‌ای ۵ مراکز سنجش مهارت و تعیین صلاحیت حرفه‌ای تبصره سازمان مجاز است مراکز آموزش و سنجش مهارت خیرساز را با رعایت موازین شرعی و مقتضای وقف، وصیت یا عناوین مشابه آن و همچنین مراکز دولتی را بر اساس شاخص های آموزش فنی و حرفه­ ای، نیروی انسانی، فضا و تجهیزات و اداری و مالی رتبه­ بندی و به ­صورت هیات امنائی اداره و بر آنها نظارت نماید. اعضای هیات امنا که توسط رئیس سازمان، تعیین و منصوب می­ شوند عبارتند از: ۱ رئیس مرکز ۲ یک نفر از مربیان مرکز ۳ یک نفر از اتاق بازرگانی شهرستان ذی­ربط ۴ یک نفر از اتاق اصناف شهرستان ذی­ربط ۵ یک نفر خبره آموزش های فنی و حرفه­ ای ۶ دو نفر از خیرین (در مراکز خیرساز) تدوین و تصویب برنامه و بودجه سالانه، نظارت بر هزینه ­کردها و تصویب صورت های مالی، تعیین حسابرس و خزانه­ دار و جذب و قبول کمک اشخاص حقیقی و حقوقی در چهارچوب قوانین و مقررات از وظایف هیات امناء می ­باشد. تصمیمات هیات امناء بعد از تایید مدیرکل آموزش فنی و حرفه­ ای استان ذی­ربط، لازم ­الاجر است.