به‌منظور انجام امور کارشناسی و اجرایی و فعالیتهای دبیرخانه‌ای شورای رقابت، مرکز ملی رقابت در قالب مؤسسه‌ای دولتی مستقل زیر نظر رئیس جمهور تشکیل می‌‌شود که تشکیلات آن به پیشنهاد وزارت امور اقتصادی و دارایی و تصویب هیات وزیران تعیین می‌‌شود. تغییرات بعدی تشکیلات مرکز ملی رقابت با پیشنهاد شورای رقابت و تایید سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور و تصویب هیات وزیران خواهد بود. تبصره 1 رئیس شورای رقابت، رئیس مرکز ملی رقابت نیز می‌باشد. تبصره2 در تامین نیروی انسانی مورد نیاز مرکز ملی رقابت اولویت با کارکنان رسمی‌و پیمانی وزارتخانه‌ها و دستگاهها و مؤسسات دولتی است. تبصره3 آیین نامه تشویق اعضاء شورای رقابت و کارکنان مرکز ملی رقابت به پیشنهاد وزارت امور اقتصادی و دارایی به تصویب هیات وزیران می‌‌رسد.