سازمان توسط هیات مدیره متشکل از سه یا پنج نفر اداره خواهد شد. اعضاء هیات مدیره توسط هیات وزیران انتخاب خواهند شد. مدیر‌عامل سازمان که ریاست هیات مدیره را به عهده خواهد داشت، به موجب حکم ریاست جمهوری و از میان اعضاء هیات مدیره منصوب و بالاترین مقام‌اجرایی در زمینه‌های اقتصادی و زیربنایی منطقه می‌باشد. انتخاب مدیر عامل و اعضای هیات مدیره برای مدت سه سال بوده و انتخاب مجدد آنان‌بلامانع است. عزل مدیر عامل و اعضاء هیات مدیره با همان مراجع انتخاب‌کننده می‌باشد. هیات وزیران مسیولیت و اختیار مجامع عمومی سازمان هر منطقه را به‌عهده دارد.