از بین اعضاء اصلی کمیسیون رسیدگی به اختلافات یک نفر رییس و یک نفر نایب رییس در اولین جلسه کمیسیون با رای مخفی انتخاب و با حکم رییس کل گمرک منصوب می‌شوند.