ریاست شورای عالی حفاظت محیط زیست با رئیس جمهور است و اعضاء آن عبارتند از: وزرای کشاورزی، کشور،صنعت، معدن و تجارت،راه و شهرسازی، جهاد سازندگی، بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، رئیس سازمان برنامه و بودجه، رئیس سازمان مدیریت بحران کشور‌، رئیس سازمان حفاظت محیط زیست و چهار نفر از اشخاص یا مقامات ذیصلاح که بنا به پیشنهاد رئیس سازمان حفاظت محیط زیست و تصویب رئیس جمهور برای مدت سه سال منصوب می‌شوند. تبصره (الحاقی 1371/08/24)- در موارد لزوم بر حسب مورد به پیشنهاد رئیس سازمان حفاظت محیط زیست و تصویب رئیس جمهور از سایر وزراء برای حضور در جلسات شورای عالی دعوت به عمل می‌آید. وزرائی که بدین نحو به جلسات دعوت می‌شوند در تصمیم گیری شورا حق رای دارند.