آبهای موضوع این قانون عبارتند از: مناطق دریایی موضوع قانون مناطق دریایی جمهوری اسلامی ایران در خلیج فارس و دریای عمان مصوب 31/1/1372 و آبهای تحت حاکمیت دولت جمهوری اسلامی ایران در دریای خزر و رودخانه‌های قابل کشتیرانی. تبصره مقررات این قانون در مورد خلیج فارس، دریای عمان و دریای خزر تا زمانی لازم‌الاجراء است که نحوه جلوگیری از آلودگی آبهای مذکور توسط معاهدات چند جانبه بین‌المللی یا توافق‌های دوجانبه بین دولت جمهوری اسلامی ایران و سایر دول ساحلی این مناطق تعیین نشده و به تصویب مجلس شورای اسلامی نرسیده باشد.