در صورت بروز اختلاف در اجراء و تفسیر فنی مصوبات کارگروه تعامل پذیری دولت الکترونیکی، بین دستگاههای اجرایی، «شورای اجرایی فناوری اطلاعات» و برای نهادهای خارج از قوه مجریه، «مرکز ملی فضای مجازی» مرجع داوری است. این حکم نافی اختیارات قضات نبوده و برای آنان لازم الاتباع نیست.