شورای مرکزی دارای هیات رئیسه ای متشکل از یک رئیس و یک دبیر اجرایی و یک منشی است که دبیر و منشی با اکثریت آرا از بین اعضا انتخاب می‌شوند و «‌شورای مرکزی» برای تعیین رئیس شورا دو نفر را به وزیر صنعت، معدن و تجارت پیشنهاد می کند و ایشان یک نفر را به عنوان رئیس شورای مرکزی که رئیس سازمان نیز محسوب می‌شود، جهت صدور حکم به رئیس جمهور معرفی می کند. دوره تصدی هیات رئیسه سه سال است و انتخاب مجدد آنان بلامانع می‌باشد.