به منظور هدایت تدریجی مبادلات موضوع این قانون در مرزها به چهارچوب تجارت رسمی، کالاهای وارداتی از طریق مبادلات موضوع این قانون در مرحله ترخیص کالا صرفا مشمول پرداخت پنجاه درصد (۵۰%) میزان عوارض و مالیات بر ارزش افزوده تعیین شده برای ورود قطعی کالا هستند و در سال اول اجرای این قانون از سایر عوارض و مالیاتها معاف می باشند. در مرحله فروش کالا توسط مشمولین این قانون، مابه التفاوت مالیات و عوارض فروش با مالیات و عوارض خرید موضوع قانون مالیات بر ارزش افزوده، به عنوان اعتبار مالیاتی ارزش افزوده برای ایشان لحاظ می شود لکن مابقی زنجیره تبادل کالا در کشور موظف به پرداخت کامل آن می باشند. تبصره۱ اعمال پلکانی حقوق گمرکی و سایر عوارض قانونی از سال دوم اجرای این قانون سالانه به میزان بیست درصد (۲۰%) مقرر در رویه تجاری و اعمال معافیت کامل یا پلکانی سود بازرگانی توسط دولت برای کالاهای وارداتی موضوع این ماده (به گونه ای که مزیت واردات موضوع این قانون نسبت به رویه واردات رسمی لحاظ گردد) مطابق آیین نامه ها یا دستورالعملها و شاخصهایی که در چهارچوب قانون به تصویب هیات وزیران می رسد، در طول اجرای این قانون مجاز است. تبصره۲ امهال پرداخت مالیات بر ارزش افزوده متعلق به کالاهای وارداتی موضوع این ماده، با اخذ تضامین معتبر (موضوع بند «ح» ماده (۱) قانون امور گمرکی مصوب ۲۲/۸/۱۳۹۰ و اصلاحات بعدی آن) و حداکثر به مدت سه ماه از تاریخ ترخیص قطعی کالا از گمرک مجاز می باشد.