رییس سازمان بالاترین مقام اجرایی سازمان و مسئول اداره کلیه امور سازمان و مؤسسات تابع و یا وابسته و نماینده سازمان در کلیه مراجع می باشد. در حدود مصوبات شورای انرژی اتمی و کمیته انرژی اتمی تعیین تشکیلات سازمان و استخدام و نصب و عزل مسئولان و کارکنان سازمان و صدور دستور انجام هزینه ها و پرداختها و تهیه برنامه فعالیتهای سازمان در کلیه زمینه های مربوط و تهیه آیین نامه و مقررات داخلی سازمان و عقد قرارداد با اشخاص حقیقی و حقوقی و انتخاب وکیل با حق توکیل و پایان دادن به دعاوی از طریق سازش، همچنین ارجاع به داوری و اخذ هر نوع تصمیم و صدور دستورات لازم برای نیل به هدفهای سازمان و حسن انجام امور و تهیه و ارائه گزارش عملکرد سالانه سازمان به عهده رییس سازمان می باشد.