سازمان دارای شخصیت حقوقی و استقلال مالی است و منحصرا تابع مقررات این قانون و اساسنامه مربوط و آیین نامه های استخدامی و مالی و اداری مخصوص به خود می باشد، مگر آن که در قانونی صراحتا از " سازمان انرژی اتمی ایران" نام برده شده باشد.