وظایف سازمان به شرح زیر است‌: الف بررسی بیماریهای دامی‌، شناسایی مناطق و منابع آلوده و راه سرایت و طرز انتشار بیماریها. ب تامین بهداشت دام کشور از طریق پیشگیری و مبارزه با بیماریهای همه گیر و قرنطینه ای دام‌. ج همکاری با وزارت بهداری در امر مبارزه با بیماریهای مشترک انسان و دام‌. د تاسیس پستهای قرنطینه در نوار مرزی و داخل کشور به منظور جلوگیری از سرایت بیماریهای دامی ، همچنین کنترل بهداشتی و ورود و خروج دام و فرآورده های خام دامی و نظارت در نقل و انتقال آنها و صدور گواهی بهداشتی دام و فرآورده‌های خام دامی که به خارج صادر می‌شود. ه نظارت بهداشتی چراگاه ها ، مراتع ، آبشخوارها ، محل نگهداری دام و سایر تاسیسات مربوط به پرورش دام ، همچنین نظارت بر کارخانه‌های تولید خوراک دام از لحاظ بهداشتی‌. و نظارت بهداشتی کشتارگاهها و کارخانه‌های تولید و تهیه فرآورده‌های خام دامی‌. ز اظهار نظر و نظارت در مورد ساخت ، ورود و صدور و فروش انواع دارو ، واکسن ، سرم و مواد بیولوژیکی مخصوص دام‌. ح مشارکت در کنفرانسهای بین‌المللی دام پزشکی و اعزام نماینده به این کنفرانسها در حدود اعتبارات مصوب و پس از تایید وزیر جهاد سازندگی ، همچنین مبادله اطلاعات علمی با مراکز و مراجع علمی دام پزشکی‌. ط تاسیس و توسعه شبکه‌های دام پزشکی همچنین تربیت کادر فنی در مناطق و مراکز دامداری کشور. ی سایر اموری که در اجرای هدفهای مندرج در ماده یک از طرف وزارت جهاد سازندگی تعیین و برای اجرا به سازمان ابلاغ می‌شود.