اهداف سازمان عبارتند از : الف - تلاش در جهت تحقق بخشیدن به ارزشهای عالیه اسلامی در کلیه امور پزشکی‌. ب - تلاش در جهت پیشبرد و اصلاح امور پزشکی‌. ج - مشارکت در جهت ارتقاء سطح دانش پزشکی‌. د - حفظ و حمایت از حقوق بیماران‌. ه - حفظ و حمایت از حقوق صنفی شاغلان حرف پزشکی‌. و - تنظیم روابط شاغلین حرف پزشکی با دستگاههای ذی‌ربط در جهت حسن اجرای موازین و مقررات و قوانین مربوط به امور پزشکی‌.