در مورد رسیدگی به اختلافات مالیاتی شرکتهای تعاونی نماینده وزارت تعاون و امور روستاها (‌و در مورد تعاونیهای کارگری نماینده وزارت کار و امور اجتماعی) بجای نماینده موضوع بند (3) ماده 244 قانون مالیاتهای مستقیم در کمیسیون تشخیص شرکت میکند. کمیسیون مجاز است با توجه به اطلاعاتی که از مراجع قانونی مربوط کسب میکند و رسیدگی هائی که بعمل میآورد ضرائب مالیاتی مصوب را در‌مورد شرکتها و اتحادیه‌های تعاونی تعدیل کند.