معاونت پژوهشی این وزارت موظف است در اجرای بند 4 اصل سوم قانون اساسی به منظور تقویت روح بررسی، تتبع و ابتکار در‌زمینه‌های علمی و فنی پزشکی و انجام تحقیقات بنیادی و کاربردی در جمیع رشته‌های پزشکی و بالا بردن سطح علم پزشکی و نظارت بر پژوهشهای‌علمی و هماهنگ ساختن واحدهای تحقیقاتی پزشکی، مؤسسات و واحدهای پژوهشی پزشکی موجود را توسعه داده و تقویت نماید. تبصره - بودجه تحقیقاتی این مؤسسات به صورت کمک در بودجه این وزارت منظور و در اختیار آنها قرار خواهد گرفت.