دبیر کل در حدود قوانین از کلیه حقوق و اختیارات برای اداره امور سازمان امور اداری و استخدامی کشور بهره‌مند است و نصب و عزل‌کلیه مستخدمین سازمان بنا به دستور وی به عمل می‌آید همچنین کلیه پرداخت‌های سازمان امور اداری و استخدامی کشور در حدود بودجه مصوب به‌دستور دبیر کل صورت می‌گیرد.