وظائف و اختیارات سازمان به شرح زیر میباشد: الف (اصلاحی 1393/07/15)- بازرسی و نظارت مستمر کلیه وزارتخانه‌ها و ادارات و امور اداری و مالی دادگستری، سازمان‌ها و دستگاههای تابعه قوه قضائیه و نیروهای نظامی و انتظامی و موسسات و شرکتهای دولتی و شهرداری‌ها و موسسات وابسته به آنها و دفاتر اسناد رسمی و موسسات عام المنفعه و نهادهای انقلابی و سازمانهائی که تمام یا قسمتی از سرمایه یا سهام آنان متعلق بدولت است یا دولت به نحوی از انحاء بر آنها نظارت یا کمک مینماید و کلیه سازمانهائی که شمول این قانون نسبت به آنها مستلزم ذکر نام آنها است بر اساس برنامه منظم. ب (اصلاحی 1387/04/17)- انجام بازرسی‌های فوق‌العاده حسب‌الامر مقام معظم رهبری و یا به دستور رئیس قوه قضائیه و یا درخواست رئیس جمهور و یا کمیسیون اصل نود (90) قانون اساسی مجلس شورای اسلامی و یا بنا به تقاضای وزیر یا مسؤول دستگاه‌های اجرایی ذیربط و یا هر موردی که به نظر رئیس سازمان ضروری تشخیص داده شود. ج (اصلاحی1387/04/17)- اعلام موارد تخلف و نارسایی‌ها و سوء جریانات اداری و مالی در خصوص وزارتخانه ها و نهادهای انقلاب اسلامی و بنیادها به رئیس جمهور و در خصوص موسسات و شرکتهای دولتی و وابسته به دولت به وزیر ذی‌ربط و در مورد شهرداری‌ها و موسسات وابسته به وزیر کشور و در خصوص موسسات غیردولتی کمک بگیر از دولت به وزیر ذی‌ربط و در خصوص سوء جریانات اداری و مالی مراجع قضایی و واحدهای تابعه دادگستری به رئیس قوه قضائیه و در موارد ارجاعی کمیسیون اصل نود (90) قانون اساسی نتیجه بازرسی به آن کمیسیون اعلام خواهد شد. د (اصلاحی 1393/07/15)- در مواردی که گزارش بازرسی متضمن اعلام وقوع جرمی است، چنانچه جرم دارای حیثیت عمومی باشد، رئیس سازمان یا مقامات مأذون از طرف وی یک نسخه از گزارش را با دلایل و مدارک مربوط برای تعقیب و مجازات مرتکب به مرجع صالح قضائی ارسال و موضوع را تا حصول نتیجه نهائی پیگیری نمایند و در مورد تخلفات اداری، انضباطی و انتظامی مستقیما مراتب را به مراجع ذی ربط منعکس نموده و پیگیری لازم را به عمل آورند. مراجع رسیدگی کننده مکلفند وقت رسیدگی و جهت حضور را به اطلاع سازمان بازرسی کل کشور برسانند. تبصره 1 (اصلاحی 1393/07/15)- در مورد جرائم منتهی به ورود خسارت به اموال دولتی و حقوق عمومی و تضییع آنها دادستان ضمن تعقیب کیفری متهم یا متهمان در دادگاه صالح در صورت احراز ورود خسارت و ضرر و زیان، رأسا جبران آن را بدون پرداخت هزینه دادرسی از دادگاه درخواست می نماید. دستگاههای ذی ربط موظف به همکاری با دادستان در جمع آوری دلایل و مدارک و پیگیری موضوع می باشند. تبصره 2 (اصلاحی 1393/07/15)- گزارش های بازرسی در ارتباط با آیین نامه و تصویبنامه و بخشنامه و دستورالعمل های صادره و شکایات اشخاص حقیقی و حقوقی غیردولتی که حاکی از تشخیص تخلف در موارد فوق الذکر باشد جهت رسیدگی و صدور رأی به دیوان عدالت اداری ارسال می گردد. رسیدگی به اینگونه موارد به طور فوق العاده و خارج از نوبت خواهد بود. ه (اصلاحی 1393/07/15)- - در مواردی که گزارش بازرسی متضمن اعلام تخلف اداری مدیران کل ادارات و مقامات بالاتر تا سطح وزراء و همتراز آنان است که مشمول قانون رسیدگی به تخلفات اداری هستند، سازمان گزارش را برای رسیدگی به هیأت رسیدگی به تخلفات اداری نهاد ریاست جمهوری ارسال و تا حصول نتیجه پیگیری می کند. در خصوص پرونده های مطروحه در رابطه با مقامات فوق، هیأت رسیدگی بدوی و تجدیدنظر مزبور با عضویت یک نفر از قضات منصوب رئیس قوه قضائیه تشکیل می شود و خارج از نوبت طبق قانون رسیدگی به تخلفات اداری به موضوع رسیدگی می کند. رئیس هیأت موظف است ضمن نظارت بر ثبت پرونده و تعیین اوقات رسیدگی، مراتب را به عضو قاضی و نماینده سازمان جهت حضور اعلام نماید. تبصره (اصلاحی 1393/07/15)- رسیدگی به تخلفات مقامات و کارکنان قوای قضائیه و مقننه، نیروهای مسلح، شورای نگهبان و دستگاههای زیر نظر مقام معظم رهبری از شمول این بند مستثنی است. و (الحاقی 1393/07/15)- سازمان مجاز است در نظارت و بازرسی از نیروهای نظامی، انتظامی، امنیتی و شرکتها و موسسات تابعه از نیروهای بازنشسته واجد شرایط و متخصص مراجع مذکور استفاده کند. آیین‌نامه اجرائی این بند با پیشنهاد سازمان به تصویب رئیس قوه قضائیه می رسد.