آزمایشگاههای سازمان جز در مورد کالاهای سلامت‌محور خاص که به تصویب شورای‌عالی استاندارد می‌رسد و نیز موارد نظامی، دارویی، هسته‌ای و پرتویی در زمینه‌های تعیین ویژگی کالاها و انطباق آن با استانداردهای مربوط، ضوابط فنی و تنظیم‌کردن وسایل سنجش، به‌عنوان آزمایشگاههای مرجع در کشور شناخته می‌شوند. تبصره سازمان می‌تواند با توجه به شرایط اقتصادی نسبت به ایجاد آزمایشگاههای مرجع منطقه‌ای اقدام کند.