در موارد اختلاف در صلاحیت، بین شعب بدوی و تجدیدنظر، رأی شعبه تجدیدنظر و در موارد اختلاف بین شعب و هیأت عمومی، نظر هیأت عمومی متبع است. تبصره (الحاقی 1402/02/10)- مرجع حل اختلاف در صلاحیت بین شعب دیوان عدالت اداری و سایر مراجع قضائی، دیوان عالی کشور است. شعبه رسیدگی‌کننده در دیوان عالی کشور پس از اخذ نظر مشورتی نماینده قضائی رئیس دیوان که از بین قضات دیوان عدالت اداری انتخاب می‌شود، در موضوع، اتخاذ تصمیم می‌کند. نماینده مذکور مکلف است ظرف یک‌ماه از زمان درخواست، نظر مشورتی خود را اعلام کند. در صورت عدم اعلام نظر مشورتی، شعبه دیوان عالی کشور مجاز به اتخاذ تصمیم است.